Harry ma dziś urodziny, lecz Dursley'owie się tym nie przejmują. Ciotka Petunia każe mu zrobić mnóstwo rzeczy. Wieczorem mają przyjść Masonowie, więc Harry będzie musiał siedzieć cicho na górze i udawać, że nie istnieje. Wchodzi do pokoju, a na jego łóżku siedze domowy skrzat Zgredek. Stworek mówi Harry'emu, że chłopak nie może wrócić do Hogwartu. Potter nie chce mu złożyć obietnicy - w Hogwarcie przeżył najszczęśliwsze chwile w swoim życiu! Skrzat upiera się, że w Hogwarcie wydarzą się straszne rzeczy. W końcu, gdy czarodziej nie chce przysiąc, że nie wróci do szkoły, Zgredek wysadza w powietrze leguminę ciotki Petuni, a pani Mason zostaje zaatakowana przez sowę. Dursley zamyka Harry'ego w jego pokoju.

Potter nie ma żadnej nadziei na wydostanie się z domu, ale niespodziewanie przybywają... Ron, George i Fred Weasley'owie. Harry się zdziwił, ponieważ chłopcy... przylecieli samochodem swojego ojca. Cała czwórka bezpiecznie dociera do Nory. Pani Weasley strasznie się martwiła i nie zamierzała oszczędzić młodym Weasley'om nagany. Potter ma też przyjemność poznać Artura Weasley'a oraz Ginny Weasley, siostrę Rona, która była bardzo nieśmiała.

Przychodzą listy z Hogwartu i państwo Weasley'owie wraz z Harrym wybierają się na Pokątną za pomocą proszku Fiuu. Potter jednak przez pomyłkę trafia na ulicę Śmiertelnego Nokturnu i spotyka Malfoya. Wszystko kończy się dobrze, bo nagle zjawia się tam Hagrid. Wszyscy robią zakupy. W księgarni "Esy i Floresy" Harry zostaje sfotografowany z Lockhartem, a pan Weasley bije się z panem Malfoy'em, który obraża jego rodzinę.

Nadchodzi dzień podróży do Hogwartu. Na stacji dzieje się coś dziwnego - barierka nie chce przepuścić Harry'ego i Rona! Weasley wpada na pomysł, żeby polecieć starym Fordem Anglia. Chłopcy wpadają na Wierzbę Bijącą, a na dodatek samochód odjeżdża do Zakazanego Lasu. Drugoroczniacy wpadają w ręcę Snape'a - widziało ich kilku mugoli! Jednak nie zostają oni wyrzuceni ze szkoły. Nazajutrz rano Ron dostaje wyjca od mamy. Gilderoy Lockhart obejmuje urząd nauczyciela obrony przed czarną magą i pierwsza jego lekcja okazuje się klapą - uczniowie zostaja zaatakowani przez chochliki kornwalijskie. Na dodatek nowy profesor udziela Harry'emu rad dotyczących sławy, co bardzo denerwuje bohatera.

Rozpoczynają się treningi quidditcha, a nowym szukającym Ślizgonów zostaje... Malfoy! Jego ojciec wyposaża też drużynę Ślizgonów w Nimbusy 2001. Draco przezywa Hermionę szlamą, Ron rzuca na niego zaklęcie, które odbija się i trafia w Weasley'a. Ron wymiotuje ślimakami. Wieczorem Harry odrabia szlaban u Lockharta. Nagle słyszy dziwne głosy, których nikt inny nie słyszy. Wszystko to wydaje się dosyć podejrzane.

Prawie Bezgłowy Nick zaprasza Harry'ego na przyjęcie z okazji 500 rocznicy jego śmierci, a Potter się zgadza. Po zabawie natrafia, wraz z Ronem i Hermioną, na napis napisany krwią: "Komnata Tajemnic została otwarta" oraz spetryfikowaną kotkę Filcha. Wszystkie podejrzenia padają na Harry'ego, ale Dumbledore mu wierzy. Hermiona opowiada chłopakom legendę o Komnacie Tajemnic - mówi ona, że dziedzic Slytherina może otworzyć Komnatę i wypuścić z niej potwora, który oczyści szkołę z dzieci mugoli. Trio sądzi, że stoi za tym Malfoy i postanawia uwarzyć Eliksir Wielosokowy, aby śledzić Ślizgona. Harry, Ron i Hermiona warzą eliksir w... łazience dziewczyn.

Tymczasem zbliża się pierwszy w tym sezonie mecz quidditcha. Złośliwy tłuczek lata tylko za Harrym i w końcu trafia go w rękę, jednak Potter łapie znicza. Po meczu Lockhart, chcąc wyleczyć chgłopaka, usuwa mu wszystkie kości i bohater trafia do skrzydła szpitalnego, gdzie odwiedza go Zgredek, który przyznaje się, że to on zablokował przejście na peron i posłał za Harrym tłuczek. Na koniec niechcący wyjawia, że Komnata Tajemnic została już otwarta 50 lat temu. Chwilę później do skrzydła nauczyciele wnoszą znieruchomiałe ciało. Ofiarą padł Colin Creevey.

Lockhart urządza Klub Pojedynków. Na pierwszym spotkaniu okazuje sie, że Harry potrafi rozmawiać z wężami. Wszyscy myślą, że to on otworzył Komnatę, bo z tej umiejętności słynął Slytherin. Kolejnymi ofiarami potwora są Justyn Finch-Fletchey oraz Prawie Bezgłowy Nick. Już prawie wszyscy są przekonani, że to Potter. Chłopak idzie do gabinetu dyrektora. Dumbledore mówi, że mu wierzy, ale bohater nic nie wspomina o dziwnych sytuacjach, które miały miejsce w ostatnich dniach.

Eliksir Wielosokowy jest już gotowy. Harry i Ron zamieniają się w Crabbe'a i Goyle'a, ale Hermionie najwyraźniej coś się stało. Chłopcy, nie mając zbyt wiele czasu, wyruszyli bez niej. Okazało się, że Malfoy nic nie wie o dziedzicu Slytherina, a Hermiona zamieniła się w... kota.

Harry znajduje stary dziennik Toma Riddle'a. Pisze w nim coś, a dziennik mu odpisuje! Harry zostaje przeniesiony do wspomnienia, z którego wynika, że Hagrid otworzył Komnatę Tajemnic. Gdy ma się rozpocząć mecz quidditcha z Puchonami, do szatni wpada McGonagall - były kolejne ataki, ofiarami są pewna Krukonka i... Hermiona!

Harry i Ron decydują się złożyć wizytę Hagridowi. Wchodzą do chatki, a chwilę później do gajowego przychodzą Albus Dumbledore i Korneliusz Knot, minister Magii. Hagrid zostaje zesłany do Azkabanu, więzienia dla czarodziejów, a Dumbledore zostaje odwołany z funkcji dyrektora. Hagrid, wychodząc, daje znać chłopakom, że mają iść "za pająkami". Przyjaciele słuchają go i o mały włos nie zostają pożarci przez olbrzymiego pająka Aragoga. Ta wycieczka nie jest jednak bezużyteczna - akromantula mówi im, że to nie Hagrid otworzył Komnatę Tajemnic, że tym potworem nie jest on, tylko bestia, której pająki strasznie się boją. Opowiedział też im, że 50 lat temu potwór zabił dziewczynę. Morderstwo miało miejsce w... toalecie. Harry sądzi, że to Jęcząca Marta, duch dziewczyny mieszkający w łazience.

Harry i Ron odkrywają, że potwór z Komnaty Tajemnic to bazyliszek. Porwana zostaje siostra Rona, Ginny! Chłopcy idą do Lockharta, który ma ją uratować i razem z nim zmierzają do łazienki dziewczyn. Harry znajduje wejście do Komnaty - jest to umywalka. Podczas wędrówki w tunelu, na skutek zaklęcia Lockharta, wali się kamienny sufit; Harry i Ron zostają przedzieleni. Potter idzie dalej. W końcu znajduje Ginny, która jest ledwo żywa. Spotyka także Toma Riddle'a, który opowiada mu swoją historię. On jest Voldemortem, a poprzez dziennik zawładł Ginny i zmuszał ją do atakowania ludzi. Teraz chce zabić Harry'ego.

Dumbledore przysyła Potterowi feniksa i Tiarę Przydziału, w której pojawia się miecz. Harry pokonuje bazyliszka, ale jeden z jadowitych kłów wbija mu się w ramię. Resztkami sił bierze dziennik i niszczy go - Tom Riddle znika, a Ginny odzyskuje przytomność. Rana Harry'ego jest głęboka, jednak leczy ją febniks Dumbledore'a.

Wszyscy wracają do zamku i idą do gabinetu McGonagall. Zastają tam państwa Weasley oraz Dumbledore'a. Potter opowiada mu całą historię. Harry sprytnie uwalnia Zgredka - okazuje się, że jego panem był... Lucjusz Malfoy. Gryffindor zdobywa Puchar Domów, a Harry musi wrócić do Dursley'ów...