Dursley'owie oczywiście traktują Harry'ego bardzo źle. Na dodatek Ron zadzwonił do Harry'ego, czym strasznie zdenerwował wuja. Potter nareszcie cieszył się ze swoich urodzin - dostał prezenty od Rona, Hermiony i Hagrida. W telewizji pojawia się informacja o zbiegłym więźniu, Syriuszu Blacku. Do Dursley'ów przyjeżdża ciotka Marge, która nienawidzi Harry'ego, a chłopak nie cierpi jej. Czarodziej musi się zachowywać dobrze, bo inaczej wuj nie wyrazi zgody na to, aby Harry odwiedzał Hogsmeade razem z kolegami. W końcu, sprowokowany, zmienia ciotkę w balon.

Nici z podpisanego formularza - Potter ucieka z domu Dursley'ów. Chłopak za pomocą Błędnego Rycerza, autobusu dla czarodziejów, jedzie na Pokątną, gdzie czeka na niego Knot. Minister nie karze Harry'ego, prosi tylko, żeby Potter zamieszkał w Dziurawym Kotle i spacerował tylko po Pokątnej. Wkrótce do Dziurawego Kotła przybywają Ron i Hermiona. Dziewczyna kupuje sobie kota, ku wyraźnemu niezadowoleniu Rona (i Parszywka). Harry, niechcący podsłuchując rozmowę państwa Weasley, dowiaduje się, że Black uciekł z Azkabanu, żeby go zabić. Dlatego Knot i całe Ministerstwo staje na głowie, żeby go chronić.

Na stację King's Cross Potter, Weasley'owie i Hermiona docierają samochodami z Ministerstwa. Gdy bohater mówi przyjaciołom o Blacku, ci wpadają w panikę. W pociągu zjawia się dementor, strażnik Azkabanu. Harry mdleje, a potwora przepędza nowy nauczyciel obrony przed czarną magią, profesor Lupin.

Hagrid zostaje nauczycielem opieki nad magicznymi stworzeniami. Lekcja wróżbiarstwa nie jest dla Pottera szczęśliwa - profesor Trelawney przepowiada mu śmierć, widząc w jego filiżance ponuraka (oczywiście z fusów ). Jakby mało było zmartwień, na lekcji Hagrida Malfoy zostaje ranny przez hipogryfa. Za to zajęcia z Lupinem okazały się fantastyczne; profesor szybko zdobył sympatię Gryfonów.

Zaczynają się treningi quidditcha, a Ron i Hermiona kłócą się. Harry jest przygnębiony, gdy okazuje się, że tylko on ze wszystkich trzecioklasistów nie pójdzie do Hogsmeade. Odwiedza Lupina i widzi, jak Snape podaje mu jakiś wywar. W nocy Syriusz Black włamuje się do zamku.

Gryfoni grają mecz quidditcha przeciw Puchonom. Gdy Potter już prawie łapie znicza, na boisko wchodzą dementorzy; chłopak spada z miotły, Gryfoni przegrywają, a ukochana miotła bohatera, Nimbus 2000, roztrzaskuje się na kawałki. Lupin obiecuje, że nauczy Harry'ego, jak bronić się przed dementorami. Fred i George dają Potterowi niezwykły prezent - Mapę Huncwotów, która pokazuje Hogwart, tajemne przejścia i wszystkich ludzi. Czarodziej korzysta z okazji i przedostaje się do Hogsmeade, gdzie podsłuchuje rozmowę nauczycieli z ministrem i madame Rosmertą. Okazuje się, że Black był przyjacielem jego ojca i chrzestnym chłopaka, a potem wydał Potterów Voldemortowi.

Hagrid jest załamany - hipogryfowi Hardodziobowi grozi śmierć. Harry dostaje kolejny niesamowity prezent - najlepszą miotłę na świecie, Błyskawicę. Hermiona podejrzewa, że mógł mu ją przysłać Black i mówi o tym McGonagall, która zabiera drogocenny podarunek. Chłopaki są wściekłe na czarodziejkę; dochodzi do kłótni. Lupin uczy Pottera Zaklęcia Patronusa, które powstrzymuje dementorów, ale chłopakowi idzie słabo. McGonagall zwraca miotłę Harry'emu; wydaje się, że wszystko wróci do normy, ale nagle okazuje się, że kot Hermiony, Krzywołap, najprawdopodobniej zjadł Parszywka.

Gryfoni wygrywają mecz quidditcha z Krukonami. Syriusz Black po raz kolejny pojawia się w Hogwarcie. Harry znowu nielegalnie odwiedza Hogsmeade. Przez przypadek widzi go Malfoy i donosi o tym Snape'owi. Lupin wybawia chłopca z opresji, ale przy okazji poznaje prawdę i wie już o Mapie. Hagrid przegrywa proces - Hardodziob zostaje skazany na śmierć. Hermiona rezygnuje z wróżbiarstwa.

Gryfoni grają ostatni, decydujący mecz quidditcha. Ich przeciwnikami są Ślizgoni. Aby wygrać, Harry musi złapać znicza, gdy jego drużyna będzie mieć ponad 50 punktów przewagi. Udaje się i Gryffindor zdobywa Puchar Quidditcha. Podczas egzaminu profesor Trelawney wpada w trans i mówi, że Czarny Pan wróci. Trójka przyjaciół udaje się do Hagrida, gdzie znajduje... Parszywka! Słyszą, jak Hardodziob zostaje ścięty. Parszywek wyrywa się Ronowi, który potem zostaje zaatakowany przez czarnego psa, który ciągnie go do korytarza przy Wierzbie Bijącej. Harry i Hermiona ruszają mu na ratunek.

Pies okazuje się być animagiem i Syriuszem Blackiem! Po kilku minutach zjawia się Lupin. Nauczyciel wita się z Blackiem jak ze starym przyjacielem. Harry jest zaskoczony; ufał Lupinowi, a on był kumplem Blacka! Potter dowiaduje się, że to oni wymyślili Mapę Huncwotów. Mówią też, że Parszywek to Peter Pettigrew. Lupin opowiada trójce przyjaciół całą historię - mówi, że jest wilkołakiem, opowiada o przyjaźni z Jamesem, Syriuszem i Peterem oraz o nienawiści do Snape'a.

Niespodziewanie nauczyciel eliksirów zjawia się we Wrzeszczącej Chacie. Harry, Ron i Hermiona rzucają na niego zaklęcie rozbrajające. Syriusz mówi, że to Pettigrew zdradził Potterów, a potem upozorował swoją śmierć i odciął sobie palec. Black poznał go na zdjęciu. Łapa i Lunatyk każą Pettigrewowi ukazać swą prawdziwą twarz i Parszywek zmienia się w Glizdogona. W końcu przyznaje się do winy. Nagle sytuacja komplikuje się - Lupin przemienia się w wilkołaka, zjawiają się dementorzy, którzy chcą wyssać duszę z Blacka. Przepędza go jakiś patronus, a Harry traci przytomność.

Wszyscy budzą się w skrzydle szpitalnym, używają zmieniacza czasu, żeby cofnąć się do przeszłości. Ratują Hardodzioba, a potem uwalniają Syriusza, który odlatuje na hipogryfie. Knot i Snape są wściekli - Black uciekł im sprzed nosa! W drodze powrotnej Harry dostaje list od swego ojca chrzestnego z pozwoleniem na wypady do Hogsmeade. Ron obiecuje przyjacielowi, że zabierze go na finały mistrzostw świata w quidditchu. Potter wraca do Dursley'ów.